Muzeum kieruje i zarządza Dyrektor  na zasadzie jednoosobowego kierownictwa, powołany przez

Wojewodę Włocławskiego, ponosząc odpowiedzialność za całokształt działalności i wyniki pracy instytucji.

Funkcję dyrektora pełni mgr Piotr Nowakowski.

e-mail: dyrektor@muzeum.wloclawek.pl

Zastępca jest powoływany i odwoływany przez Zarząd Województwa Kujawsko-Pomorskiego.

Działami Muzeum kierują ich kierownicy, ponoszący z tego tytułu odpowiedzialność przed Dyrektorem.

Przy Muzeum działa Rada Muzeum w zakresie określonym w art. 11 ustawy o muzeach.

Członków Rady powołuje i odwołuje Sejmik Województwa Kujawsko-Pomorskiego.